Lənkəran şəhərinin və rayonunun tarixi çox qədimdir. Rayonun dənizkənarı ərazisində, dağ və dağətəyi hissələrində çox qədimlərdən yaşayış, mədəni-mənəvi həyat və təsərrüfatçılıq mövcud olmuşdur.
  Xəzər dənizinin səviyyəsinin bir neçə dəfə qalxıb-enməsi ilə əlaqədar bu ərazidə dəyişikliklər olsa da, ümumilikdə rayonun 2500 illik tarixə malik olduğu təsdiq edilmişdir.
  Lənkəran şəhərinin adı qədim xəritələrdə IX əsrin II yarısı - X əsrin əvvəllərindən görünür.
  Qədimdə bu ərazidə kaspilər (xəzərlər) adlı qəbilələr yaşamışdır.
  Aparılan arxeoloji qazıntılar zamanı aşkar edilən qədim əşyalar sübut edir ki, bu zonada hələ tunc dövründə (e.ə. I-III minilliklər) yüksək mədəniyyət olmuşdur. Rayonun Digah kəndində mövcud olan Divəlonə (talış dilində "div yuvası") qəbiristanlığı alimlər tərəfindən ilk dəmir dövrünə aid edilir. XX əsrin 20-ci illərində rayon ərazisində e.ə.III əsrə aid Atəşgədə aşkar edilmişdir. Bu Atəşgədə yerli əhalinin müqəddəs ayinləri yerinə yetirdiyi yer olmuşdur.
  Rayonda 86 tarixi abidə var. Ən tanınmış tarixi abidələr Divəlonə, Atəşgədə (müqəddəs ayinlərin icra edildiyi yer), Babək Xurrəminin istehkamlarından sayılan Bəlləbur qalası, qədim Mayak, dairəvi Qala (Zindan), Şeyx Zahid, Seyid Xəlifə türbələri, Xan sarayı və s.
  Lənkəran rayonu 1930-cu ildə təşkil olunmuşdur.
  1961-ci ildə Astara Lənkərandan ayrılıb ayrıca rayon olmuşdur.